明朝先是派兵出师辽东，明军越过辽东边界进入朝鲜，大明朝一边正面抗击日本军队，一边派人与日本和谈，日本表示，明廷皇帝承认自己为丰臣秀吉的附庸，或许可以暂停交火。
和谈并不成功，丰臣秀吉要求明朝皇帝成为日本国的附属，但大明显然误会了丰臣秀吉愿意成为大明朝廷的附属人员。当大明朝的使者去册封丰臣秀吉的时候，丰臣秀吉仍然在朝鲜驻兵。
万历二十五年，丰臣秀吉出兵十四万人，第二次入侵朝鲜。
明廷派兵应战，但明廷与朝鲜显然存在剧烈的军事分歧，在朝鲜边界，大明军官指责朝鲜军官故意放纵日本人，目的是借日本人的手帮助朝鲜收复辽东地区。
指控无疾而终，当然这种指控毫无目的性，除了加剧大明与朝鲜的冲突，于对抗日本无益。
等到万历二十六年，丰臣秀吉死去，同年，朝鲜将军李舜臣战死。
万历二十七年，日本军队全部撤出朝鲜，日本战败。
日本人认为这场由丰臣秀吉发动的侵略战争于日本国毫无益处，但这次战役沉重地加重了大明王朝的经济负担，以及直接削弱了明朝政府对边境防御的能力。
日本对朝鲜的侵略战争是一次毁灭性的掠夺，朝鲜国内的建筑被毁坏，而他们的书画艺术作品和钱财器物全部被洗劫，朝鲜遭受了空前灾难，这场大明、朝鲜与日本的战争最后的获利者只有日本德川家康和满洲的努.尔哈赤。
大明王朝在丰臣秀吉侵略时期给予了朝鲜无偿的军事援助，朝鲜人或许怀有负罪感，在后来努.尔哈赤崛起又咄咄逼人的时刻，他们在很长时间内不肯与女真人妥协。
明王朝后期，努.尔哈赤夺取辽东之后，朝鲜光海国王采取冷淡态度，朝鲜内廷臣子不满意国王对大明朝的冷漠，他们推翻了光海国王。
或许朝鲜人怀念大明朝，他们接受大明朝的文化、精神、服饰和儒家学说，或许他们还以一种孺慕之情眷念着明王朝，于是在满洲统治者统一中国之后，朝鲜人攻击满洲人，并且回避接受清王朝对他们的册封，他们回避成为清王朝的附属国。
后头的朝鲜王朝用朝贡和礼物买通清朝，买通清朝不再干预朝鲜国内事物，朝鲜半岛的大门对中国关闭了。
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